大石围天坑底部海拔900－1000米。从天坑四周俯瞰天坑底部森林，由于各处角度不同，所看到的底部森林形态也各异；一年四季变化，天坑底部森林外貌亦有不同的天然色彩。天坑底层植物终年生活在水雾弥漫、相对无风的环境中，相对湿度常保留在70％以上，林下阴生草本植物几乎全部发育为阴生肉质草本形态，如狭叶巢蕨、冷蕨、深绿短肠蕨、水衣、马蓝花、火焰花、冷水花、楼梯草、雾水葛等，这些肉质植物本身即是阴湿环境的产物，又是维持这种特殊水热条件的必要物种。天坑森林的中层，即灌木层，主要生长着以棕竹为优势种群的美丽植物。大石围天坑森林中的棕竹，一般高度在5－6米，十分罕见。由于生长年代久远（100年以上），因此树干基部“竹节”分外明显，节间黄绿光净，酷似竹子。成片分布的天然野生棕竹在我国森林中并不常见。天坑森林的上层乔木，以香木莲为主。根据我们考察，这种珍稀树种能正常开花结果，也产种子，但发芽率低，幼苗成活更为稀见，因此除了在大石围底部发现成片生长外，其它环境中几乎难寻踪影，足见其珍稀程度。大石围天坑底部香木莲一般为成年大树，胸围2米左右，树高30米者不在少数。
大石围天坑四周绝壁上，分布着针阔常绿落叶混交林植物群落，包括短叶黄杉、福建柏、细叶云南松、鹅耳枥、苦丁茶、青冈、细叶青冈、酸枣等乔木树种和九里香、鼠剌、寒兰等灌木和草木植物。其中树形雄伟挺拔、极具观赏价值种类首推短叶黄杉。这种“喜”生于天坑绝壁的松科植物，当地居民普遍称之为“天枕”，它们大多分布于大石围天坑、雀巢天坑、白洞天坑绝壁顶部。鹅耳枥，是一种冬季落叶的著名硬材，在大石围南部凹口处，由于土层肥厚，排水良好，故长势极佳。福建柏，柏树类之珍品，因其树皮肉红、树叶扁平、浓绿，叶背面常生有鲜亮的绿白色气孔带，是观赏柏科植物的著名代表。大石周围植被中，尚有兰花、龙胆、远志等花果鲜艳的草本植物；八角莲，淫羊藿、鸡爪黄莲、狭叶重楼等药用植物，应是今后开发本地旅游商品的潜在资源。
